Originalment es van concebre com a part de l'alquímia o protociència (preciència), que més tard va evolucionar cap a la química. Fins al segle XVIII, els símbols esmentats s'utilitzaven per a designar determinats elements i compostos. Els símbols variaven lleugerament en les marques dels alquimistes, de manera que els que coneixem fins avui són fruit de l'estandardització d'aquestes marques.
Segons Paracels, aquests signes es coneixen com els tres primers:
sal - que denota la base de la substància - marcada en forma de cercle amb un diàmetre horitzontal clarament marcat,
el mercuri, que significa l'enllaç líquid entre alt i baix, és un cercle amb un semicercle a la part superior i una creu a la part inferior,
sofre - l'esperit de la vida - un triangle connectat per una creu.
Els següents són els símbols dels elements de la terra, tots en forma de triangles:
Metalls marcats amb símbols de planetes i cossos celestes:
Els símbols alquímics també inclouen:
Ouroboros és una serp que es menja la seva pròpia cua; en alquímia, simbolitza un procés metabòlic en constant renovació; és el bessó de la pedra filosofal.
Heptagrama: significa set planetes coneguts pels alquimistes a l'antiguitat; els seus símbols es mostren a dalt.